Sodan aikana venäläisiä vankeja kuljetettiin rajan yli, mutta helmi-maaliskuussa tämä lopetettiin vastavetona Venäjällä tapahtuneisiin suomalaisten vangitsemisiin, sekä pelkoon siitä, että vapautetut venäläiset liittyisivät Suomen punaisiin. Tätä ennen ehdittiin kuljettaa noin 3300 venäläistä, joten vankileireihin jäi vajaat 5000 venäläistä. Sodan aikana kertyi vielä muutamia satoja lisää. Sodan jälkeen vangit laivattiin pääosin Helsingin kautta Venäjälle.
Sodan aikana oli lukuisia pieniä vankileirejä, joita taistelujen päätyttyä keskitettiin muutamiin suuriin leireihin. Näitä perustettiin usein entisille venäläisen sotaväen kasarmialueille. Kesäkuun alussa leirejä oli 26, mutta heinäkuun puolivälissä enää 15. Keskityksen tarkoituksena oli pyrkiä edistämään valtiorikosoikeudenkäyntejä. Suurimpia ja tunnetuimpia vankileirejä olivat Helsinki, Hämeenlinna, Lahti ja Viipuri, joissa kaikissa oli yli 10000 vankia. Myös hieman alle 10000 vangin leireistä kuuluisaksi tuli Tammisaari, joka tunnettiin sittemmin myös "Tammisaaren yliopistona". Tämä aloitti aina 1940-luvulle asti kestäneen poliittisten pakkotyövankien vaiheen.
Vankileireillä ei ollut ainoastaan miehiä, vaan joukossa oli myös runsaasti naisia. Aseelliseen toimintaan osallistuneita ja miesten vaatteissa esiintyitä myös teloitettiin. Naisvankeja arvioidaan olleen noin 5000 ja myöhemmin heidät pyrittiin keskittämään pääasiassa Helsinkiin Santahaminaan ja Hämeenlinnaan. Maaliskuun puolivälissä Vaasan senaatti ja ylipäällikkö perustivat väliaikaisen vankeinhoitohallituksen. Armeija otti vastatakseen punavangeista, johon vankilaviranomaisten resurssit eivät olisi riittäneet. Vankilalaitos ei olisi kyennyt majoittamaan ja vartioimaan näin suurta vankimäärää.
Senaatin omaksuma linja oli, että kaikki punaiset tuomittaisiin laillisissa oikeusistuimissa lain määräämiin rangaistuksiin. Suuren vankimäärän tutkiminen ja oikeudellinen käsittely oli kuitenkin varsin hidasta ja vankileiriolot olivat kurjat. Vangit elivät ahtaissa oloissa. Muonitus ja terveystilanne leireillä oli heikko. Vaikka monesti kuolinsyyksi kirjattiin jokin sairaus, oli todellinen syy usein nälkä. Pelonaiheena leireillä oli myös terrori ja mielivaltaiset teloitukset. Kevääseen 1919 mennessä kuoli vankileireillä noin 12500 punaista. Tästä määrästä vain noin 500 kuoli kulkutauteihin, joista isorokko oli tuhoisin. Kuolleisuus leireillä oli suurinta heti kesän alkukuukausina. Kesäkuussa kuoli noin 2400 vankia. Heinäkuussa, jolloin kuolleisuus oli suurinta, heitä kuoli noin 4700, mutta elokuussa enää vain noin 1900 punaista vankia. Kuolleisuuden laskuun vaikutti ruokatilanteen kohentuminen sekä tutkinnan aikana hallinnollisella päätöksellä "vähimmin syyllisten" päästäminen kotiin. Heitä oli kesäkuussa noin 6500 ja heinäkuussa noin 15000. Vankileirien yleinen kuolleisuusprosentti oli noin 16 %. Pahimmilla leireillä se oli huomattavasti tätä korkeampi, kuten Tammisaaressa 30,5% ja Lappeenrannassa 22,1%. Vaikka olot kansalaissodan runtelemassa Suomessa olivat kauttaaltaankin huonot, oli vankien kuolleisuus myös pitkälti seurausta sisällissodan aiheuttamasta vihasta ja terrorista. Vankeja ei pidetty samassa asemassa kuin muita kansalaisia mm. ruokahuollossa, ja heille jopa kiellettiin lähettämästä ruokapaketteja.
